一、根茎区别

石菖蒲的根茎粗度为2-5mm左右，并有着淡淡的芳香，它的颜色为淡褐色，根茎是肉质的，上面还有很多的须根，节间的长度通常为3-5mm。

水菖蒲的根茎是横走的，粗度是5-10mm左右，同样有芳香，但它是黄褐色的。它的肉质根是5-6cm左右，须根都是毛发状的。

二、叶子区别

石菖蒲的叶子是很薄的，是线性的，长度差不多是在20-30cm左右，有时可达到50cm。它的叶色为暗绿色，无中肋。

水菖蒲的叶子是剑状的线形，长度会更长一些，有90-150cm左右。它的叶子为绿色，十分光亮，有着十分明显的中肋。

石菖蒲:

水菖蒲:

石菖蒲和水菖蒲在叶片，根部以及花瓣上都有区别。石菖蒲的叶片是暗绿色，长度正好，根部的形状类似扁圆柱形，表面的颜色有点深，花朵的样子有点类似三棱状，而水菖蒲叶片的颜色有点偏浅，长度比较长，根部的形状更粗，颜色更浅，形状则是更扁一些。